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Referenza completa

Liquori, Alfonso M. and Ripamonti, Alberto and Sadun, Claudia and Ottani, Stefano and Braga, Dario:
Fourier analysis of the primary structure of globular proteins
Atti della Accademia Nazionale dei Lincei. Classe di Scienze Fisiche, Matematiche e Naturali. Rendiconti Serie 8 75 (1983), fasc. n.1-2, p. 71-78, (English)
pdf (3.12 MB), djvu (1.37 MB).

Sunto

Viene introdotto un nuovo algoritmo per analizzare la struttura primaria (cioè la sequenza degli amminoacidi) di una proteina globulare. Esso si basa sul calcolo di una funzione di autocorrelazione vettoriale come serie di Fourier analoga alla funzione Patterson impiegata nell’analisi di strutture cristalline mediante diffrazione dei raggi X. Come è stato descritto in una nota precedente, dove questo metodo è stato applicato alla sequenza nucleotidica di geni, la sequenza di amminoacidi di una proteina globulare viene decomposta in «sequenze omopolipeptidiche difettive» contenenti residui di amminoacidi identici o simili e vacanze corrispondenti ai rimanenti residui di amminoacidi nella sequenza originale. Le sequenze così generate vengono trattate come reticoli lineari difettivi. Il metodo fornisce risultati molto promettenti nel riconoscimento di «omologie» e «analogie» fra sequenze di amminoacidi di proteine globulari di specie diverse e di una stessa specie. Inoltre consente di rivelare duplicazioni entro la struttura primaria di una proteina globulare. Ciò viene mostrato considerando come esempi il caso noto della Ferredoxina batterica del Clostridium Pasterianum ed il caso insospettato della Ferredoxina di spinaci.
Referenze Bibliografiche
[1] A.M. Liquori, S. Ottani, A. Ripamonti and C. Sadun - «Rend. Acc. Naz. Lincei», in Press.
[2] G.D. Fasman (1976) - Handbook of Biochemistry and molecular Biology, «Proteins», Vol. III, ed. by R. C. Press, Cleveland Ohio.
[3] M.O. Dayoff (1972) - Atlas of Protein Sequence and Structure, «National Biomedical Research Foundation», Silver Spring Md.
[4] A.M. Liquori (1960) — La diffrazione dei raggi X nello studio della costituzione molecolare di sostanze naturali, Varenna 1958 «Ed. Accad. Naz. Lincei».
[5] A.M. Liquori and C. Sadun (1976) - «Gazz. Chim. It.», 176, 557.
[6] A.M. Liquori and C. Sadun (1980) - «Int. J. Biol. Macrom.».
[7] A.M. Liquori (1981-83) in «Structural order in Polymers», p. 181, «J.U.P.A.C. Intern. Symp.», Florence Sept. Pergamon Press, Oxford and in «Conformation in Biology», p. 59, Ed. by R. Srinivasan and R.H. Sorma, Adenine Press, New York.
[8] M. Kakudo (1983) in «Conformation in Biology», p. 461. Ed. by R. Srinivasan and R.H. Sarma, Acenine Press, New York.
[9] R. Sarma (1983) in «Conformation in Biology», p. 69 ed. by R. Srinivasan and R.H. Sarma, Adenine Press, New York.

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