bdim: Biblioteca Digitale Italiana di Matematica

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Referenza completa

Liquori, Alfonso M. and Ottani, Stefano and Ripamonti, Alberto and Sadun, Claudia:
Genes as quasi-periodic linear lattices: a novel approach to the analysis of nucleotide sequences
Atti della Accademia Nazionale dei Lincei. Classe di Scienze Fisiche, Matematiche e Naturali. Rendiconti Serie 8 74 (1983), fasc. n.6, p. 389-395, (English)
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Sunto

Viene presentato un nuovo approccio allo studio di sequenze nucleotidiche basato su calcoli di serie Fourier. La sequenza nucleotidica di un gene, rappresentabile mediante i simboli delle quattro basi $(A,T,G,C)$ viene risolta in quattro sequenze «omonucleotidiche» che vengono considerate ciascuna come un reticolo lineare caratterizzato dalla ripetizione di una base e di «vacanze» (X) corrispondenti alle tre rimanenti basi. Viene calcolata la Trasformata di Fourier (F.T.). Successivamente vengono calcolate delle serie di Fourier aventi come coefficienti i quadrati dei valori assoluti della Trasformata di Fourier. Si ottiene così una funzione $D(x)$ del tutto analoga alla «funzione Patterson», largamente impiegata nell’analisi strutturale dei cristalli. I massimi della funzione $D(x)$ corrispondono a vettori i cui moduli rappresentano distanze fra basi identiche nella sequenza nucleotidica del gene. Questa funzione viene mostrata per il gene della globina dell'Aplisia. La funzione contiene picchi corrispondenti a distanze di 3 unità e multiple di 3 (3, 6, 12, 15,...).
Referenze Bibliografiche
[1] B. Alberts, D. Bray, J. Lewis, M. Raff, K. Roberts and J.D. Watson (1983) - «Molecular Biology of the Cell», ed. Garland Publishing Inc. New York.
[2] J.C.W. Shepherd (1981) - «J. Mol. Evol.», 17, 94.
[3] M. Eigen and R. Winkler (1981) - «Oswatish Die Naturwissenschaften», 68, 217.
[4] A.M. Liquori (1960) - La diffrazione dei raggi X nello studio della costituzione molecolare di sostanze naturali. Varenna 1958 - Ed. Accad. Naz. Lincei.
[5] J.H. Ahrens, V. Dieter and A. Grube (1970) - «Computing», 6, 121.

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