È stato messo in evidenza in precedenti lavori come il processo di denaturazione alcalina comporti la deprotonazione della molecola di DNA, e come questo meccanismo permetta di spiegare diverse caratteristiche della transizione alcalina. Nel presente lavoro la deprotonazione viene messa direttamente in evidenza tramite l'abbassamento di pH che si verifica in una soluzione alcalina quando vi si immetta una quantità nota di DNA. Queste misure hanno richiesto la messa a punto di una tecnica molto accurata ed hanno consentito di ricavare una valutazione del numero di OH^- legati (ovvero di H⁺ strappati) per ponte idrogeno presente nella molecola di DNA, in un intervallo di pH che copre la regione di transizione. I risultati mostrano un effetto cooperativo di deprotonazione, in corrispondenza della transizione alcalina. Vengono discusse possibili cause di errore ed eventuali effetti concomitanti.